Наруто и его товарищи-ниндзя завершили серию Шиппуден крупной победой, но события сиквелов и сериалов разрушили этот с трудом завоеванный мир. В кульминации Наруто Шиппудена Команда 7, возглавляемая Какаши Хатаке, приняла на себя самую большую угрозу человечеству, Кагую Оцуцуки , в захватывающей битве, которая закончилась их победой. За этой битвой последовало последнее столкновение Наруто и Саске, и когда оно закончилось, мир наконец вернулся в мир. Однако история не заканчивается заключением Наруто Шиппудена ...

Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...