История повествует о дружбе двух пятилетних детей, мальчика Сосукэ и рыбки Поньо, дочери колдуна и морской богини. Сосукэ живёт со своей матерью в доме на утёсе с видом на море. Он и его мама — не разлей вода, хотя заботливая и несколько строгая Риса часто волнуется за своего сына и маленького друга в одном флаконе. Отец Сосукэ — капитан рыболовецкого судна, редко бывает дома, отчего Риса бывает ворчлива и обижена на него, ведь ужасно скучает по нему, а маленький сын вечно ждёт его возвращения из океана...

О мультфильме: Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини — уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание — стать человеком...