В центре истории — пятилетний мальчик Сосукэ, который живёт с мамой Рисой в доме на утёсе у моря. Его отец — капитан рыболовецкого судна, он подолгу отсутствует в рейсах, из‑за чего Риса порой раздражается и сильно скучает, а Сосукэ терпеливо ждёт возвращения папы. Однажды Сосукэ находит на берегу необычную рыбку: у неё ярко‑красный окрас и почти человеческое выражение лица. Рыбка оказывается Поньо — дочерью могущественного морского колдуна Фудзимото и морской богини. Поньо любопытна и тянется к...