История повествует о дружбе двух пятилетних детей, мальчика Сосукэ и рыбки Поньо, дочери колдуна и морской богини. Сосукэ живёт со своей матерью в доме на утёсе с видом на море. Он и его мама — не разлей вода, хотя заботливая и несколько строгая Риса часто волнуется за своего сына и маленького друга в одном флаконе. Отец Сосукэ — капитан рыболовецкого судна, редко бывает дома, отчего Риса бывает ворчлива и обижена на него, ведь ужасно скучает по нему, а маленький сын вечно ждёт его возвращения из океана...