Забастовка на стратегической производственной базе правительственной корпорации «Матрика» «перерастает в масштабное кровопролитие», и рано утром 6-го марта 2035 года Мотоко Арамаки получает задание разобраться «с мятежниками, пока они не развязали гражданскую войну». Однако дело оказывается куда сложнее, чем могло показаться сначала, и последствия запущенных событий совершенно непредсказуемы. Обнаружив, что кто-то «незаконно выращивает реплики человеческого мозга в донорских свиньях» на фабрике клонирования...