Во время чтения второй части Призрака в доспехах от Сиро Масамунэ многие задумываются, кто же такая главный персонаж Мотоко Арамаки? Почему она сменила свою фамилию на фамилию руководителя 9 отдела? И где настоящая Мотоко Кусанаги? Но всё по порядку. Ещё в манге "Призрак в доспехах 1.5: Компьютерам свойственно ошибаться" появился этот персонаж Мотоко Арамаки. Но тогда многие подумали, что героиня просто использует подставную фамилию шефа. Большинство думало, что руководитель 9 отдела Дайсукэ Арамаки как-то с ней связан или даже руководит и помогает ей в своих интересах...

Забастовка на стратегической производственной базе правительственной корпорации «Матрика» «перерастает в масштабное кровопролитие», и рано утром 6-го марта 2035 года Мотоко Арамаки получает задание разобраться «с мятежниками, пока они не развязали гражданскую войну». Однако дело оказывается куда сложнее, чем могло показаться сначала, и последствия запущенных событий совершенно непредсказуемы. Обнаружив, что кто-то «незаконно выращивает реплики человеческого мозга в донорских свиньях» на фабрике клонирования...