Призрак в доспехах: Невинность снятый в 2004 году является прямым продолжением первой части. Это история о Бато, здесь он главный персонаж и вся история крутится вокруг него. Матоко пропала, ее уже нет несколько лет, никто ее не ищет и все продолжают жить своей жизнью. В городе происходят массовые убийства. Зафиксировано несколько случаев убийства роботами своих хозяев, разработчиками коих является фирма Лукус Солус. Девятый отдел берется за это дело по двум причинам, убит чиновник и что-то все это дурно пахнет, намекая общественности на террористические акты...

Задержание иностранного дипломата, обвиняемого в убийстве премьер-министра, заканчивается фиаско. Внезапно появившаяся фигура в невидимом камуфляже убивает подозреваемого, игнорируя юридические тонкости. Как мы узнаем позже, задержание было спектаклем ради расправы во благо государства, а всю грязную работу выполнила майор Кусанаги, состоящая в особом отделе общественной безопасности. Это первые минуты культового аниме-фильма «Призрак в доспехах» 1995 года. Вряд ли ­кто-то станет спорить, что «Призрак в доспехах» одна из визитных карточек японской анимации...