Давным-давно в шумном городе жили четыре черепахи, мутировавшие под действием таинственного вещества. Они стали гуманоидами, и каждый был искусен в разных видах боевых искусств. Они называли себя черепашками-ниндзя и жили в канализации под городом. Однажды, бродя по городу, они наткнулись на палатку с шаурмой «Папа Джунс». На улицу доносился аромат свежеиспеченных лепешек и сочного мяса, а черепашьи животы дружно заурчали. Они решили провести пробраться и узнать на вкус эти таинственные ароматы....

Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...