Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

Напомню что мы увидим 2 июня 2023 года: после воссоединения с Гвен Стейси дружелюбный сосед из Бруклина, он же Майлз Моралес сам отправляется в путешествие по Мультивселенной, где встречает целую стаю таких же как он супергероев, которые защищают само её существование. Проблема в том, что разношерстных(!) спасителей становится слишком много, и их разногласия грозят отдать победу в руки нового дьявольского злодея Пятна (Spot). Склеивать ткань мультивселенной и упрямые характеры пауков предстоит Майлзу и Гвен...