Предыдущая часть После исчезновения Эйприл, черепашки решили найти её и поняли, что О'нил пропала. Герои пошли по её следу и нашли улики, указывающие, что её схватили и она находится связанная на крыше здания. Попав в ловушку, черепашки решают снять свою маскировку и хорошенько наподдать своим врагам (роботам-ниндзя). Черепахи победили роботов и часть из них пустились в бега на другую крышу здания. Черепахи последовали за ними и нашли комнату с цифровыми трансиверами, где по другую сторону был Шреддер, говорящий о Технодроме и приказывающий своим Футботам отступать...

Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...