Нью-Йорке Человек-паук, как обычно, прогуливался по городу, охраняя его от преступлений и опасностей. Однажды во время патрулирования он наткнулся на то, чего никак не ожидал увидеть - четырех огромных говорящих черепах в зеленых костюмах ниндзя, которые называли себя Черепашками-ниндзя из Teenage Mutant Ninja Turtles. Сначала Человек-паук был настроен скептически и немного настороженно по отношению к этим странным существам. Но когда он познакомился с ними поближе, то понял, что на самом деле они дружелюбны и просто пытаются защитить свой город от злого Шреддера и его клана Фут...

Черепашки-ниндзя имеют за плечами огромный опыт совместной работы с другими супергероями. Они объединялись с охотниками за приведениями, Бэтменом, Усаги Ёдзимбо и т.д. И пусть они живут в Нью-Йорке, они никогда не имели пересечений с персонажами вселенной Марвел...