Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

В 1999 появился мультсериал «Непобедимый Человек-паук», разработанный Fox, в котором Человек-паук попадает на планету Анти-Земля (англ. Counter-Earth), созданную в ранних комиксах 1970-х. Герой получает нанокостюм, снабжённый ультрасовременными техническими приспособлениями. Сериал был отменен после первого сезона из-за плохих рейтингов, на которые повлияли набиравшие тогда популярность «Покемоны» и «Дигимоны». Немного сюжета Наблюдая за запуском ракеты, в которой находится Джон Джеймсон, Человек-паук видит на борту Венома и Карнажа...