3 года спустя. — Вы меня звали Рю-сама? — Спросил Наруто поклонившись Дайме Огня. «Рю рассматривая перед собой блондина, который за эти 3 года очень сильно подрос, кивнул ему». — Да, Наруто-кун, — Ответил он блондину, еле заметно улыбнувшись. — Пора бы тебе вернуться в Конохогакуре но Сато, — Сказал он, удивляя блондина перед собой. — 3 года прошло с того момента, как ты покинул деревню. Пора бы и вернуться. — Я вас хорошо знаю, Рю-сама. И вы меня не просто так отправляете, — Сказал ему Наруто, на что получил кивок с его стороны...

Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...