Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Битва продолжается... Судьба руки Остановились мы на том, что Дейдара угодил в Песчаную Тюрьму. События развивались следующим образом : Дейдара пытался успеть вылететь из смыкающейся пасти Тюрьмы, но не смог, в результате чего врезался прямо в стену песка. Тут же он, вероятно, подорвал свой "транспорт"-птицу, дабы создать брешь в сфере и в свободном падении выбраться оттуда. Однако скоростная фракция песка - та самая насыщенная чакрой Абсолютная Защита, что Гаара носит в своей тыкве, устремилась за нарушителем и, схватив его за ногу, закинула прямиком обратно в недра Тюрьмы...