Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Наруто прошёл огромный путь, для того чтобы стать почитаемым шиноби. С самого детства все его остерегались и пытались отдалиться, так как в нём запечатан 9-хвостый лис. И даже с демоническим лисом внутри в Наруто всё равно верили. И именно эти люди стали самыми близкими для седьмого Хокаге. Шикамару Шикамару играет практически важнейшую роль в жизни Наруто. Когда он был в академии, то спросил у отца про Наруто: "Почему все презирают Наруто, что с ним не так?". Отец сам хотел услышать мнение Шикамару и поэтому дал ему высказаться...