Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 89 "Цена силы" Новое поколение Поздравляем, Наруто разгромил своего первого Акацки. Да - не целиком, да - не насмерть, но, тем не менее, это был решающий нокаут. С самого же начала присутствует один не очень понятный момент: Ямато удивляется, что Наруто смог "скастовать" Расенсюрикен целых ТРИ раза, в то время, как на тренировке выдавал максимальный результат в ДВА. Только вот есть один нюанс... если кто забыл - Цунаде дала команду, завершить дзюцу за 24 часа и отправиться на помощь команде №10...