Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Наруто узнает, что все кроме него Чунины. Неджи, Темари и Канкуро уже даже Джонины, а Гаара новый Казекаге. Тем временем в Сунагакуре появляются двое членов Акацки. Это Сасори и Дейдара. Наруто, Сакура и Какаши встречаются на третьем полигоне - там, где вместе с Саске они стали генинами...