Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 248 "Смертельная битва Четвёртого Хокаге!" Серия очень крутая! Посмотрим, какая выйдет из неё статья... Наруто появился на свет и первым на руках его подержала жена Третьего - Бивако, после чего передала матери, а вот третьим Наруто на руки взял вовсе не отец... Откуда не возьмись ("выплывает" из стены) появляется человек в маске, который, к тому ж, в мгновение ока убивает Таджики - доверенное лицо в АНБУ, ниндзя-медик, ассистирующую при родах, и Бивако. Обе, с жутким выражением лица, падают...