Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

"Человек-паук: Паутина вселенных" - продолжение нашумевшего "Человека-паука: Через вселенные ". Первый мультфильм был шикарным, визуальная составляющая внесла инновации в индустрию. "Митчилы против роботов", "Кот в сапогах 2: Последнее желание", "Черепашки-ниндзя: Погром мутантов" все пытались повторить стилистику паука. Сюжет также радовал, показав историю не о Питере Паркере, а о Майлзе Моралесе, на тот момент малоизвестном пауке. Второстепенные персонажи также сверкали на экране благодаря своему времени...