Действие 2 сезона начинается после хаотичного финала 1 сезона. Люди Икс разбросаны по разным временным линиям. Одни оказались в далеком будущем, а другие – в Древнем Египте, в эпохе восхождения Апокалипсиса. Во 2 сезоне «Людей Икс ‘97» будет глубоко исследовано происхождение Апокалипсиса. Об этом рассказал Ларри Хьюстон, исполнительный продюсер сериала – вот что он сообщил в интервью Entertainment Weekly: «Апокалипсис из Древнего Египта – это невероятно мощная предыстория мутанта. Никто не рождается злым, но мы видим, как обстоятельства заставили стать его злодеем Апокалипсисом»...