Богиня в обличии японской школьницы возникла за три года до событий, показанных в анимешном сериале «Меланхолия Харухи Судзумии». Сама она момент своего рождения осознала и помнила как то мгновение, когда она, бывшая прежде обычной девочкой, задумалась о смысле своего (и вообще человеческого) существования. Тогда же, подчиняясь желанию новорожденной богини, на Земле появился интерфейс цифрового космического разума в виде Юки Нагато, прибыла гостья из будущего Микуру Асахино, а некоторые люди обрели дар экстрасенсов...