Итак, мультфильм "Мегамозг" рассказывает нам классическую историю про злодея, который пытается захватить Метро-сити. Но ему противостоит полностью неуязвимый герой – Мачомэн. Зрителю показывают, как они ведут между собой "войну" за этот город, причём продолжается это очень долгое время. И первым из них решает сдаться Мачомэн, потому что ему начинает надоедать постоянная "оборона" города. Мачомэн решает поддаться в битве с Мегамозгом и проиграть. Таким образом, Мегамозг становится главным в Метро-сити...