Студию основала в 1981 году Ёко Хатта — раньше она работала специалистом по цвету в легендарной Mushi Production (той самой, что выпустила первый в истории аниме-сериал «Астробой»). После замужества и переезда в Киото она собрала команду (в том числе из соседок, которым пришлось учиться анимации с нуля). Сначала студия выполняла заказы других компаний — например, работала над эпизодами «Дораэмона», «Евангелиона», «Ину-Ясы». Лишь в 2003 году KyoAni начала выпускать собственные проекты: первым стала OVA «Мунто» (Munto), а параллельно вышел ТВ-сериал «Стальная тревога? Фумоффу»...