Разнообразный состав злодеев Наруто с самого начала приковывает взгляды зрителей к экрану. Наруто Узумаки и его товарищам предстоит столкнуться с несколькими устрашающими злодеями, чей характер и явная сила вселяют страх в окружающих. Некоторые из них представляют небольшую угрозу для героев шоу, а другие могут сокрушить полчища ниндзя. Однако сила каждого злодея не является единственным фактором, определяющим их успех. У каждого злодея есть свои цели, и от того, достигают они их или нет - независимо от их силы - в конечном итоге зависит их успех...

Во время 3-ей Мировой Войны Шиноби родителей Нагато убили шиноби из деревни Листа. Так как недавно до этого перед своей смертью Мадара пересадил Риннеганы, то Нагато проявил истинную силу этих глаз и убил вражеских Шиноби...