Призрак в доспехах: Невинность снятый в 2004 году является прямым продолжением первой части. Это история о Бато, здесь он главный персонаж и вся история крутится вокруг него. Матоко пропала, ее уже нет несколько лет, никто ее не ищет и все продолжают жить своей жизнью. В городе происходят массовые убийства. Зафиксировано несколько случаев убийства роботами своих хозяев, разработчиками коих является фирма Лукус Солус. Девятый отдел берется за это дело по двум причинам, убит чиновник и что-то все это дурно пахнет, намекая общественности на террористические акты...