Пятнадцать лет назад мастер ниндзюцу Хамато Йоси купил в нью-йоркском зоомагазине четырех очаровательных черепашек. По дороге домой он столкнулся с таинственными злоумышленниками, которые втянули его в драку. Из рук злодеев выпал контейнер с неизвестным веществом, под действием которого Хамато мутировал в огромную антропоморфную крысу. К счастью, он не растерял своих боевых навыков и мудрости. Одновременно удивительные метаморфозы произошли и с его новыми питомцами – встав на задние лапы, они обрели человеческий разум и фантастическую силу...

Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...