История повествует о дружбе двух пятилетних детей, мальчика Сосукэ и рыбки Поньо, дочери колдуна и морской богини. Сосукэ живёт со своей матерью в доме на утёсе с видом на море. Он и его мама — не разлей вода, хотя заботливая и несколько строгая Риса часто волнуется за своего сына и маленького друга в одном флаконе. Отец Сосукэ — капитан рыболовецкого судна, редко бывает дома, отчего Риса бывает ворчлива и обижена на него, ведь ужасно скучает по нему, а маленький сын вечно ждёт его возвращения из океана...

Сюжет данной современной японской анимации повествует о двух мирах, существующих вместе: морском мире и человеческом мире. Первое, что мы видим, — это сказочный подводный мир, в котором царит идиллия. Рыбка прощается со своими маленькими сестрами и тихо уплывает из своего дома на дневную вылазку в открытое море. Плавая в море, она попадает в рыболовные сети, от чего её отбрасывает на берег, где её находит пятилетний мальчик Сооскэ. Сооскэ решает спасти рыбку, угодившую в банку, когда-то выброшенную человеком в море...