В сериале «Наруто» рассказ ведётся о начинающих ниндзя, только-только окончивших академию и получивших «удостоверения» в виде повязок. Сразу же после окончания герои попадают во множество переделок и опасных ситуаций, находят друзей, встречают врагов. Двенадцать лет назад до начала основных событий, гигантский девятихвостый демон-лис атаковал Коноху — деревню Наруто...

Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...