Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

Оригинальные черепашки были жестокими Первые комиксы с черепашками ниндзя были намного мрачнее. Черепахи не щадили своих врагов, нанося смертельные удары. Но для детской аудитории создатели, Питер Лерд и Кевин Истмен, решили смягчить образы. Злодеи-ниндзя были заменены роботами, чтобы избежать темы убийства людей. Мультсериал появился благодаря игрушкам Создатели комиксов хотели выпустить серию игрушек, но «Playmates Toys» согласились только при условии, что будет мультсериал. Так что первые пять серий вышли только ради того, чтобы игрушки увидели свет...