Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Наруто Шиппуден показал возраст многих персонажей в подростковом возрасте. Вот возраст каждого главного героя в конце аниме-сиквела. После оригинальной сюжетной линии Наруто был перерыв в два года, когда Наруто отправился тренироваться с Джираей...