Капитан Зелёный, управляет космическим кораблём "Пегас" в космической экспедиции за редкими животными для Московского космического зоопарка. Маленькая девочка-подросток Алиса Селезнёва становится полноценным участником этой космической экспедиции. От отца Алисы зрители узнали про привычку Алисы напроситься на какое-нибудь серьёзное дело. Профессор Селезнёв, космический зоолог и биолог, научный руководитель космической экспедиции за редкими животными для Московского космического зоопарка. Археолог Громозека, друг семьи Селезнёвых...
"Тайна третьей планеты" - один из лучших советских мультфильмов, снятый режиссером Романом Качановым по повести Кира Булычева "Путешествие Алисы".
В мультфильме и в книге рассказывается об экспедиции корабля "Пегас" в глубокий космос...