Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Ямато занял позицию Какаши в качестве лидера Команды 7 в Наруто Шиппуден, но он не всегда был лучшей заменой. Какаши один из самых популярных персонажей в Наруто , что делает решение заменить его кем - то другим опасным. Это может вызвать негодование у фанатов и испортить уже сложившуюся историю. К счастью, этого не произошло, поскольку Какаши не исчез с экрана , а остальная часть Команды 7 по-прежнему много развивала персонажей. Тем не менее, Ямато был худшей заменой практически во всех отношениях...