Кики — 13-летняя ведьма-ученица, живущая на окраине маленького городка с отцом-учёным и матерью-ведьмой, изготавливающей целебные средства для местных жителей и обучающей дочь своему искусству. В таком возрасте, по традиции, ведьма должна улететь на годичную стажировку в чужой город, где нет других ведьм, и пожить за счёт предоставления его жителям своих профессиональных услуг. Мать беспокоит, что из всех нужных ведьме умений дочь освоила лишь полёт на метле, но Кики уверена в своей способности пройти испытание...

История повествует о дружбе двух пятилетних детей, мальчика Сосукэ и рыбки Поньо, дочери колдуна и морской богини. Сосукэ живёт со своей матерью в доме на утёсе с видом на море. Он и его мама — не разлей вода, хотя заботливая и несколько строгая Риса часто волнуется за своего сына и маленького друга в одном флаконе. Отец Сосукэ — капитан рыболовецкого судна, редко бывает дома, отчего Риса бывает ворчлива и обижена на него, ведь ужасно скучает по нему, а маленький сын вечно ждёт его возвращения из океана...