Хотя существуют различия от деревни к деревне, общая организационная структура и иерархия систем ниндзя каждой деревни примерно одинаковы. В случае Пяти Великих Стран Шиноби на вершине организации находится Даймё . Даймё имеет право назначить лицо на должность "Каге", также они являются наблюдателями экзамена, чтобы отобрать кандидатов, достойных стать Чуунинами. Фактические силы шиноби разделены на три группы: регулярные войска, Анбу и медицинские команды. Регулярные Войска Регулярные войска составляют основу деревни и её системы шиноби...

В аниме Наруто присутствует огромное количество кланов. Клан — объединение шиноби которые связаны между собой родственными узами. Есть сильные и слабые кланы. Некоторые кланы не могут пользоваться ниндзюцу...