Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...
Дейдара оказал влияние в начале Наруто: Шиппуден, но о члене Акацуки нужно знать больше. Хотя можно подумать о характере главного героя, когда дело доходит до измерения того, насколько хорош сериал сёнен, есть еще один важный фактор, который следует учитывать. Сериал сёнэн может быть настолько хорош, насколько хороши злодеи, с которыми герои сражаются каждую неделю, и у Наруто нет недостатка в блестящих, пугающих злодеях, которые вызывают искреннюю реакцию у зрителей. Уже во времена генинов главные герои сражаются с интересными врагами, которые создают ощущение напряжения в сериале в целом...