Мультфильм «Черепашки-ниндзя: Погром мутантов» представляет нам историю о четырех молодых черепашках и их отце-крысе. В результате контакта с мутагеном, попавшим в канализацию, обычные животные превратились в антропоморфных существ. Однажды отец, по имени Сплинтер, решает вывести Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэля наружу, чтобы они познакомились с людьми и нормальной жизнью. Однако их пути пересекаются с серией преступлений, совершаемых мутантами под предводительством трансформировавшейся мухи Суперфлая...