Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

За свою долгую жизнь в комиксах, черепашки-ниндзя столкнулись с довольно интересными и сильными соперниками. Так, они сражались с инопланетянами, с бесконечными ниндзя Шреддера, динамичным дуэтом Рокстэди и Бибопом, различными роботами, Демоном Ёкай и т...