Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

Предыдущая часть В прошлой части черепашки зашли в Технодром, чтобы спасти Сплинтера и встретили уродливых роботов, с которыми начали сражаться. Разобравшись, с честью, с роботами, черепашки отправились дальше, где их ждали ловушки Шреддера. Но, благодаря изобретательности Донателло, черепашки проломили дыру в стене и попали прямиком к мастеру Сплинтеру, где их уже ждал Шреддер с футботами. Шреддер поведал, что он создал мутаген и, благодаря ему черепашки стали такими, какие они есть сейчас. Шреддер так же предложил черепашкам перейти на его сторону, на что услышал ответ - нет...