Предыдущая часть Ранее крысоловы напали на Эйприл и Сплинтера в их логове, а черепашки пришли на помощь. Все вместе они узнали, что в разрушениях и нападениях виноват сам Шреддер и компания человека по имени Бакстер Стокман. Шреддер отпускает Стокмана домой, но своим футботам приказывает избавиться от него позже. Сам же Саки решает отправить сто крысоловов на черепах. С помощью Эйприл черепахи нашли жилище Бакстера и уже поджидали его у квартиры. Как только Стокман подошел к двери на него напали футботы, с которыми в последствии разобрались черепашки ниндзя...

В далеком 1984 году два молодых художника, Кевин Истмен и Питер Лэрд, придумали и нарисовали четырех симпатичных и неустрашимых борцов со злом. Живут непобедимые герои в канализации под Манхэттеном, а наставляет их на путь истинный мудрый сэнсэй...