Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

Обитающие в канализации черепахи и их крысообразный учитель Сплинтер противостоят команде враждебных мутантов во главе с Супермухой, которые, по давней киношной традиции, планируют уничтожить человечество. Но есть и третья сила, которая хочет на всем этом заработать: циничная человеческая корпорация объявила охоту на гибридов, чтобы выдоить из них всю кровь и клепать суперсолдат на радость Пентагону и НАТО. Куда-то пропали Шредер и Крэнг, но в целом все довольно знакомо. Магистральная сюжетная линия...