Фильм начинается с того, что Эйприл О'Нил - бесстрашный репортёр "Шестого Канала" - расследует дело о преступном Клане Фут, наводящем ужас на улицы огромного города-мегаполиса Нью-Йорка. Отправившись в порт, Эйприл становится свидетелем ограбления порта Кланом Фут и того, как их останавливают вигиланты в масках. На месте событий Эйприл находит загадочный символ, оставленный таинственными героями на одном из контейнеров и фотографирует его. В редакции все работники и начальник Эйприл, Бернадетт Томпсон, не воспринимают её всерьёз...

Спустя год после битвы на вершине Сакс-Тауэр, четверо братьев-черепашек: Леонардо (Лео), Донателло (Донни), Микеланджело (Майки) и Рафаэль (Раф) продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрывать себя, они договорились о том, что лавры человека, остановившего Эрика Сакса и Клан Фут со Шреддером во главе, присвоит себе Вернон Фенвик. Он получает «Ключ от Города» и становится популярной медиа-звездой по кличке «Сокол». Каждого из черепашек-ниндзя тяготит то, что они не могут...