Предыдущая часть После исчезновения Эйприл, черепашки решили найти её и поняли, что О'нил пропала. Герои пошли по её следу и нашли улики, указывающие, что её схватили и она находится связанная на крыше здания. Попав в ловушку, черепашки решают снять свою маскировку и хорошенько наподдать своим врагам (роботам-ниндзя). Черепахи победили роботов и часть из них пустились в бега на другую крышу здания. Черепахи последовали за ними и нашли комнату с цифровыми трансиверами, где по другую сторону был Шреддер, говорящий о Технодроме и приказывающий своим Футботам отступать...

Фильм начинается с того, что Эйприл О'Нил - бесстрашный репортёр "Шестого Канала" - расследует дело о преступном Клане Фут, наводящем ужас на улицы огромного города-мегаполиса Нью-Йорка. Отправившись в порт, Эйприл становится свидетелем ограбления порта Кланом Фут и того, как их останавливают вигиланты в масках. На месте событий Эйприл находит загадочный символ, оставленный таинственными героями на одном из контейнеров и фотографирует его. В редакции все работники и начальник Эйприл, Бернадетт Томпсон, не воспринимают её всерьёз...