Обитающие в канализации черепахи и их крысообразный учитель Сплинтер противостоят команде враждебных мутантов во главе с Супермухой, которые, по давней киношной традиции, планируют уничтожить человечество. Но есть и третья сила, которая хочет на всем этом заработать: циничная человеческая корпорация объявила охоту на гибридов, чтобы выдоить из них всю кровь и клепать суперсолдат на радость Пентагону и НАТО. Куда-то пропали Шредер и Крэнг, но в целом все довольно знакомо. Магистральная сюжетная линия...