Давным-давно в шумном городе жили четыре черепахи, мутировавшие под действием таинственного вещества. Они стали гуманоидами, и каждый был искусен в разных видах боевых искусств. Они называли себя черепашками-ниндзя и жили в канализации под городом. Однажды, бродя по городу, они наткнулись на палатку с шаурмой «Папа Джунс». На улицу доносился аромат свежеиспеченных лепешек и сочного мяса, а черепашьи животы дружно заурчали. Они решили провести пробраться и узнать на вкус эти таинственные ароматы....

В 1988 году молодой ниндзя Рю Хаябуса, член прославленного клана Дракона, сталкивается с серьезным испытанием. Начало его миссии – письмо от отца, в котором говорится о необходимости отправиться в Америку на поиски археолога Уолтера Смита. Это послание втягивает Рю в вихрь опасных приключений и мрачных тайн. По приезде в США Рю сталкивается с Айрин Лью, агентом ЦРУ, которая сначала атакует его, а затем неожиданно помогает, передавая древнюю статую. Рю узнает, что его отец и археолог Уолтер Смит в глубинах Амазонки нашли две демонические статуи среди руин старого храма...