Первые приключения знаменитых героев в панцирях. Приключения начинаются с новостей Эйприл О'нил об ограблении трёх научных лабораторий, в которых украли высокотехнологичное оборудование, а так же эксперты подозревают в этом ниндзя. Только окончив репортаж, Эйприл прерывают громилы, чтобы преподать урок, но она технично бросает в них камеру и решает сбежать через канализацию. Преступники бросаются вдогонку по канализации за Эйприл. В момент, когда девушку догоняют бандиты, она спотыкается и падает...

Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...