В 1988 году молодой ниндзя Рю Хаябуса, член прославленного клана Дракона, сталкивается с серьезным испытанием. Начало его миссии – письмо от отца, в котором говорится о необходимости отправиться в Америку на поиски археолога Уолтера Смита. Это послание втягивает Рю в вихрь опасных приключений и мрачных тайн. По приезде в США Рю сталкивается с Айрин Лью, агентом ЦРУ, которая сначала атакует его, а затем неожиданно помогает, передавая древнюю статую. Рю узнает, что его отец и археолог Уолтер Смит в глубинах Амазонки нашли две демонические статуи среди руин старого храма...

Предыдущая часть В прошлой части черепашки зашли в Технодром, чтобы спасти Сплинтера и встретили уродливых роботов, с которыми начали сражаться. Разобравшись, с честью, с роботами, черепашки отправились дальше, где их ждали ловушки Шреддера. Но, благодаря изобретательности Донателло, черепашки проломили дыру в стене и попали прямиком к мастеру Сплинтеру, где их уже ждал Шреддер с футботами. Шреддер поведал, что он создал мутаген и, благодаря ему черепашки стали такими, какие они есть сейчас. Шреддер так же предложил черепашкам перейти на его сторону, на что услышал ответ - нет...