Фильм начинается с того, что Эйприл О'Нил - бесстрашный репортёр "Шестого Канала" - расследует дело о преступном Клане Фут, наводящем ужас на улицы огромного города-мегаполиса Нью-Йорка. Отправившись в порт, Эйприл становится свидетелем ограбления порта Кланом Фут и того, как их останавливают вигиланты в масках. На месте событий Эйприл находит загадочный символ, оставленный таинственными героями на одном из контейнеров и фотографирует его. В редакции все работники и начальник Эйприл, Бернадетт Томпсон, не воспринимают её всерьёз...

Обитающие в канализации черепахи и их крысообразный учитель Сплинтер противостоят команде враждебных мутантов во главе с Супермухой, которые, по давней киношной традиции, планируют уничтожить человечество. Но есть и третья сила, которая хочет на всем этом заработать: циничная человеческая корпорация объявила охоту на гибридов, чтобы выдоить из них всю кровь и клепать суперсолдат на радость Пентагону и НАТО. Куда-то пропали Шредер и Крэнг, но в целом все довольно знакомо. Магистральная сюжетная линия...