Мультсериал 2003 года отличается более серьезным и зрелым подходом по сравнению с предыдущими версиями. Сюжеты исследуют сложные эмоции, конфликты и предательство, что делает их более увлекательными. Например, многие эпизоды включают эмоциональные повороты, показывающие внутренние испытания черепашек, их страхи и сомнения, что добавляет глубины персонажам. Серии становятся все интереснее и способны завлечь зрителя чем-то новым. Одна из запоминающихся серий — эпизод, в котором Донателло попадает в альтернативное будущее, где Шреддер победил, и мир находится под его контролем...

За свою долгую жизнь в комиксах, черепашки-ниндзя столкнулись с довольно интересными и сильными соперниками. Так, они сражались с инопланетянами, с бесконечными ниндзя Шреддера, динамичным дуэтом Рокстэди и Бибопом, различными роботами, Демоном Ёкай и т...