Предыдущая часть В прошлой части черепашки зашли в Технодром, чтобы спасти Сплинтера и встретили уродливых роботов, с которыми начали сражаться. Разобравшись, с честью, с роботами, черепашки отправились дальше, где их ждали ловушки Шреддера. Но, благодаря изобретательности Донателло, черепашки проломили дыру в стене и попали прямиком к мастеру Сплинтеру, где их уже ждал Шреддер с футботами. Шреддер поведал, что он создал мутаген и, благодаря ему черепашки стали такими, какие они есть сейчас. Шреддер так же предложил черепашкам перейти на его сторону, на что услышал ответ - нет...

В этой части франшизы Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело снова оказываются в центре событий, сражаясь за справедливость и защищая Нью-Йорк от преступности. Но на этот раз герои попадают во времена Японии эпохи Сэнгоку. Эта невероятная история разворачивается, когда черепашки далеко от своего привычного города и времени, встречают могучих самураев и вступают в противостояние с темной силой. "Черепашки-мутанты ниндзя 3" были сняты с использованием передовой для того времени реалистической костюмированной аниматроники...