Давным-давно в глубине японских лесов, где таинственные и мистические силы пронизывали природу, обитали обычные морские черепахи. Эти черепахи жили спокойной жизнью, плавая в воде и загорая на солнце. Но однажды в их мире произошли огромные изменения, и началась новая эпоха легендарных Черепашек-Ниндзя. Началом послужило падение таинственного метеорита, недалеко от места пребывания черепашек, в обломках которого были обнаружены четыре странных амулета, которые излучали радиоактивные частицы. В то же время от них исходило невообразимое свечение и невероятная энергия...

В далеком городе Черепашки-ниндзя жили в мире и согласии. Каждый день они тренировались в искусстве ниндзюцу, оттачивая свое мастерство, готовясь к любым угрозам, которые могут возникнуть на их пути. Однажды на их город обрушилась таинственная сила. Странный туман окутал улицы, как будто он пришел из другого мира. Черепашки были настроены оптимистично, но вскоре их оптимизм сменился ужасом, когда туман показал свою истинную природу. Это была орда монстров, странных существ, которые, казалось, родились из самого тумана...